草果為多年生草本，高2-2.5m。根系分支撐根(其實為莖)、營養根。所謂的支撐根即為主莖下部肥大似姜，粗狀有節的橫走根狀莖。營養根是生長在支撐根兩側和頂端較細的粉紅色須報，入土10-30釐米，能生長到1-2米長，起吸收養分水分的作用。
草果全株有辛辣氣味。莖基部膨大，直徑達6cm，莖分直立莖和根狀莖。直立莖由橫走根莖上的葉芽生出，叢生狀，高達2.5—4米，深綠色，基部帶有紫紅色，其內淺黃色肉質，圓柱形有節，直立或隨坡勢生長，一般有葉片12-16片。根狀莖在地下匍匐延伸，又稱匍匐莖，由直立莖基部膨大處和根狀莖節間向兩側對稱生出新的匍匐莖，約有8-11條，入土深度10-20釐米，長30-80釐米，粗2-3釐米，起支撐和儲蓄養分的作用。根狀莖生長到一定的程度便會向上抽出新芽，次年長成新的植株(直立莖)。根狀莖上鱗片內的潛伏芽可萌發出花芽和葉芽，即萌發出花芽可長成花穗，萌發出葉芽則長成直立莖，開花結果後其相近的那根直立莖林便自然枯萎。
草果的葉為2列，具短柄或無柄;葉片長橢圓形或狹長圓形，長約55釐米，寬達20釐米，先端漸尖，基部漸狹，全緣、邊緣於膜質，葉兩面均光滑無毛;葉鞘開放，包莖，葉舌長0.8-1.2釐米，葉舌帶紫色，葉鞘具條紋，花葶從莖基部抽出，長漸尖，基部楔形，全緣，兩面無毛。草果為穗狀花序，從根莖生出，呈球形，每穗有花60-120朵。花兩性，螺旋狀排列在花穗軸上，小花外有紫紅色苞片，層層包住，故未開放的花穗外觀為紫紅色。開放時，自下而上地以順時針方向螺旋狀上升逐漸開花，先開的花到時先謝。總花穩長約18釐米，披密集的紫紅色苞片，苞片橢圓形先端逐漸變尖，長5.5-9.5釐米，寬2.5-3.5釐米，頂端漸失，草質。苞片內每一小花披一小苞片，小苞片淺紫紅色玻針形，長約3.5-4釐米，寬0.8釐米，先端漸尖，萼片管狀，長約2.5釐米，寬0.7釐米，一側裂至中部，先端二齒裂，花冠金黃色，花冠管長約3釐米，長橢圓形，脣瓣橢圓形，長約3.5釐米，寬約0.4釐米，先端微齒裂，邊緣波狀，中脈肉質肥厚，上有兩條深紅色條紋，花葯長1.8釐米，花葯中間裂片扇形，兩側裂片稍狹，具兩藥寶，雌蕊一枚，位於雄蕊藥室稍上部，柱頭呈橢圓狀，中間微凹，花柱長4-4.5釐米，子房下位，球形，三室，胚珠多數，子房頂端有兩枚蜜腺，長約0.5釐米，淡黃色。
草果的果實是屬於不開裂蒴果，果實富含纖維，幹後質地堅硬，果形仿錘形、卵圓形或近球形，螺旋式地密生於一個穗軸上。每穗有果15-60個，每個果長2.5-4釐米，直徑1.4-2釐米，其部有短果柄，幼果鮮紅色，成熟時為紫紅色，烘烤以後呈棕褐色，不開裂，頂端浙狹而成厚緣，帶軔性而堅硬，有比較整齊的直紋纖維。
每個草果的果實內有20-66粒籽種。種子為多角形，長約0.4-0.7釐米，寬約0.3-0.5釐米，每個種子顆粒被一層白色海綿狀薄膜所包住。種仁白色，有濃郁的清香辛辣味。平均千粒重為120-140克，每公斤鮮籽種約有6000-7000粒。
草果的花期為4-6月，果期為9-12月。